جشن مهرگان همچون دیگر آیین‌های زرتشتیان از پیشینه‌های دینی، استوره‌ای و طبیعی برخوردار است. در باور مردمی سرچشمه‌ی پیدایش مهرگان به پیروزی فریدون بر ضحاک برمی‌گردد و از دید طبیعی زمان برپایی این آیین، اعتدالی پاییزی را نوید می‌دهد. امروزه این آیین در روز مهر ایزد از ماه مهر (در تقویم زرتشتی) برابر با دهم مهرماه در گاهشمار رسمی کشور برگزار می‌شود.
در فرهنگ فارسی، مهر را ایزدی نشان بر مهر و دوستی و خرد در کارهای مینوی و معنوی دانسته‌اند که در ماه مهر (ماه هفتم از سال خورشیدی) و روز مهر (روز شانزدهم هر ماه) بدو پیوند یافته است. مهر که در اوستا « میترا Mithra » خوانده می‌شود، از ایزدان بزرگ پیش از زرتشت است که ایزد فروغ و روشنایی خوانده می‌شود. ایزد مهر نگهبان محبت، مهر، دوستی و عشق، تدبیر برای یافتن دارایی و خواسته‌ها است. مهر به معنی دیگر، گردونه آفتاب یا خورشید است.
جشن مهرگان در گاهشماری و فرهنگ ایران باستان پس از نوروز دارای اهمیت برجسته‌ای بوده است. ایرانیان از دیرباز جشنی به نام جشن مهرگان را برگزار می‌کردند که جشن ارج نهادن به عهد و پیمان است. پایبند بودن به عهد و پیمان چنان جایگاهی در میان ایرانیان باستان داشته که شکستن پیمان خود را در هر شرایطی حتی با یک دروغکار گناه می‌دانستند و این امر یکی از ارزش‌‌های این فرهنگ است که این چنین به راستی و پایبندی به عهد و پیمان ارج می‌نهادند.
در گاهشمار کهن ایران، سال تقصیم به دوفصل بزرگ می شد و این دو جشن، آغاز فصل‌های سال را نوید می‌دادند. به بیان دیگر، نوروز آغاز فصل نخست و مهرگان آغاز فصل دوم به حساب می آمد. فصل نخست، تابستان بود که جشن نوروز آغاز می‌شد و هفت ماه ادامه داشت و فصل دوم، زمستان که با جشن مهرگان آغاز می‌شده است و پنج ماه طول می‌کشید. جشن مهرگان نیز مانند سایر جشن‌های ایرانی آداب و رسوم خاص خود را داشت. این جشن در ایران باستان در طی چندین روز برگزار می‌شد؛ در حالی که در سراسر ماه، شادمانی و سرور برقرار بود و عامه و خواص در این جشن به شادی و پایکوبی و دادن هدیه به یکدیگر می‌پرداختند. در این ایام مردم به استقبال پاییز و مهر می‌رفتند. جلوی در خانه را آب‌پاشی و جارو می‌کردند و به نظافت خانه‌های خود می‌پرداختند. همچنین طعام‌ها، خوراکی‌ها و نوشيدنی‌های خاصی نیز آماده می‌شد. خواندن سرود، شعر، دکلمه و نواختن موسیقی نیز از جمله کارهایی است که انجام می‌دادند.
به گزارش شاهنامه فردوسی، پیدایش جشن مهرگان را به پیروزی ایرانیان به رهبری کاوه آهنگر بر ضحاک ستمگر نسبت می دهند. در شاهنامه آمده است که کاوه آهنگر که خشم و ستم ضحاک بر مردم زمانه را می دید و چندتن از پسرانش را نیز این پادشاه سمتگر کشته بود، با جمع آوری یارانی دلاور به نزد فریدون رفت و او را برای نبرد با ضحاک ماردوش تشویق و یاری نمود و فریدون پس از تلاش و پایمردی فراوان ضحاک را به بند آورد و مردم فریدون را به عنوان شاه خود برگزیدند.